Las Misiones Universitarias surgió el año 2000, un año muy especial en el calendario del joven cristiano, en el que se conmemoran los 2000 años de la noche en el cual Dios nos dio su regalo más grande; en una noche de diciembre nació en un pesebre el Salvador de la Humanidad; Jesús nació en la más humilde pobreza material y se hizo hombre, creció como humilde carpintero y llegado el momento anunció la Buena Nueva y ofrendó su vida por nuestros pecados.

Este gran sacrificio lo hizo por ti, y el objetivo de este grupo es el darlo a conocer a la comunidad Sanmarquina, es decir, es el anuncio de Cristo en la Universidad.

El grupo surgió a raíz de la iniciativa del Arzobispo Juan L. Cipriani T., que nos convocó a todos los católicos a un gran esfuerzo evangelizador con motivo del año santo jubilar, ya que fue un año de gracia divina.
 
El inicio del grupo se gestó gracias al Seminario de Líderes Católicos, en la PUCP, en agosto de 1999; posteriormente preparamos un Ciclo de Charlas, entre otros trabajos de Evangelización en los meses de octubre y noviembre de 1999.
 
Ese mismo año preparamos un programa de trabajo un poco más extenso, que consistió en un ciclo de charlas con el objetivo de evangelizar la universidad completa. Se inició en mayo con el tema “La caridad cristiana: Mensaje de la Madre Teresa de Calcuta al Perú”, realizado en la Facultad de Ciencias Sociales, y con la participación en la Misa por el Jubileo de los Universitarios, realizada el 25 de mayo en la Parroquia María Auxiliadora.